La fundación en Fuente de Cantos tiene relación con la de Talavera la Real, y la resume en pocas líneas el libro “El Carmelo de Fuente de Cantos, 350 años de historia” (2002) escrito por una hija de la casa, Hna. Ana María del Niño Jesús de Praga (Amalia Romero de la Peña) y el Doctor en Historia D. Emilio Quintanilla Martínez:
“En 1618 se había fundado un convento de Clarisas en Talavera la Real (Badajoz) con el título de la Inmaculada Concepción, con cuatro monjas clarisas procedentes del de Barcarrota. A los pocos meses murieron tres de ellas, y quedaron solamente la maestra y dos novicias. El Señor Obispo de Badajoz les aconsejó se fundase de nuevo, pero esta vez con Carmelitas Descalzas, pidiendo religiosas al convento recién fundado de Plasencia, quienes llegaron en 1637. Efectuaron el cambio de Orden y establecieron una nueva comunidad de la que salieron a los pocos años las tres fundadoras de Fuente de Cantos.”
Pero la historia de la fundación no será sencilla, y se hará realidad gracias al deseo que el Señor puso en el corazón del Doctor D.Juan Escobar del Corro, presbítero, fiscal del Consejo de Su Majestad y de la Inquisición. D. Juan, fallece en Córdoba en 1649, y deja a su hermana Doña Juana de Escobar, heredera de todos sus bienes, con la encomienda de llevar a término su deseo de fundar un convento-colegio en que se educaran 16 niñas pobres y huérfanas y que fuera regentado por Carmelitas Descalzas.
Conseguida la licencia, redactó Doña Juana la escritura fundacional en que se manifiesta el temple de su alma grande. Juana se despojó de todos sus bienes en favor de la comunidad que fundaba e ingresó acompañada de un grupo de mujeres que había albergado en su propia casa experimentando la vida regular; esta casa sería la que se transformaría en convento. Al vestir el hábito religioso tomará el nombre de Juana de Jesús María, y morirá en el año 1666, a los 69 años, siendo priora y dejando una gran estela de santidad.
Las tres fundadoras que vinieron cedidas por la comunidad de Talavera la Real fueron las piedras fundamentales de la casa: la M. María de la Concepción, priora durante dos trienios; María de San Antonio, supriora y maestra de novicias; Isabel de San Pedro que ocupó el oficio de portera o tornera. Ellas serían las que iniciarían a Doña Juana de Escobar y al pequeño grupo fundacional en la vida monástica. Las Hermanas vinieron por cinco años, que se prorrogaron por otros cinco, hasta quedar la comunidad bien consolidada. El 30 de abril de 1652 se colocó el Santísimo Sacramento y tomaron posesión las tres monjas de sus respectivos oficios.
Las colegialas se comenzaron a recibir, y mientras lo permitieron las rentas del convento, se seguiría haciendo hasta el siglo XIX.
D. Alonso del Corro, sobrino de los fundadores mandó hacer la iglesia a su costa. Su hijo, primer Conde de Montalbán, dejaría al convento heredero de todos sus bienes.