En el año 1749, la priora y comunidad solicitaron al P. General de los Carmelitas Descalzos Fr. Nicolás de Jesús María pasar a la jurisdicción de la Orden. El Definitorio General dio su consentimiento. Sólo estaba que el Obispo-Prior, de la Orden de Santiago, cediera sus derechos y permitiera a la comunidad pasar a la jurisdicción de los Carmelitas Descalzos. El Obispo-Prior no se avino a la petición alegando que en la Escritura fundacional se ordenaba al colegio-convento que estuviera bajo la jurisdicción de la orden de Santiago. Sujetas a esta orden permanecerán durante los dos primeros siglos de existencia y luego, hasta nuestros días, bajo la dependencia y cuidado del Ordinario Diocesano.
Se acercaban días de prueba para la comunidad con motivo de la invasión francesa de 1810. Ante el peligro, la entonces M. Priora, Manuela del Espíritu Santo, reparte el capital entre las monjas y dispersa a la comunidad. Al regresar, después de más de un año de ausencia, encuentran todo destrozado, saqueado, quemado.
Nueva prueba con la llamada Desamortización de Mendizábal, que les despojó de sus bienes, teniendo que vivir en suma estrechez económica. La disposición gubernamental de supresión de los conventos no les alcanza de momento, pero sí a otras comunidades, por lo que en 1837 la comunidad recibe a seis religiosas Concepcionistas del convento suprimido en el pueblo, y cinco Clarisas de Guadalcanal, compartiendo con ellas la vida y observancia durante 33 años. En 1870 sí fue suprimido el convento y las tres comunidades se vieron obligadas a marcharse el 19 de agosto de ese año y entrar en el de las Clarisas de Zafra donde vivieron un año. En este difícil período destaca la entereza y espíritu de la Priora la M. Patricia de San Rafael, muy amada de todas sus hijas. Regresarían el 30 de octubre de 1871.
En 1923, el Obispo les notifica lo que ha manifestado el Nuncio de Su Santidad sobre el tema de la jurisdicción, que si alguna comunidad desea volver a la del Superior Regular, que pudiera hacerlo enviando la solicitud a la Sagrada Congregación de Religiosos. La Comunidad votó favorablemente esta propuesta, pero por segunda vez no logró su legítima aspiración de estar bajo la jurisdicción de la Orden.
El 20 de julio de 1936 la comunidad fue nuevamente expulsada del convento hasta el 5 de agosto de ese mismo año. Cuando volvieron pudieron ver que todas las imágenes y cuadros de la iglesia y convento estaban destrozados, pero con la ayuda del Señor lo irían reconstruyendo poco a poco pese a los difíciles años de posguerra y escasez que hubo en toda España.
Muchas monjas han dejado imborrable huella de sus virtudes en el convento. En el siglo XX, en 1934, muere una religiosa en olor de santidad, la Madre Felisa de la Virgen del Carmen, imagen de la mansedumbre y la sencillez, y del vivir siempre en la presencia de Dios, dejando a sus hermanas un ejemplo de vida que perdurará a través del tiempo.