Será Granada nuevo destino de la que será decimosexta y penúltima de las fundaciones teresianas, y aunque surgirá por deseo de la Madre Teresa de Jesús, que designa qué monjas irán a la fundación, el Convento de San José de Granada se fundó por obra de San Juan de la Cruz y de la Venerable Madre Ana de Jesús (Lobera), señalada por la Santa como fundadora en su nombre y priora de la nueva casa. Les acompañarán las hermanas María de Cristo y Antonia del Espíritu Santo, de Ávila, Beatriz Jesús de Cepeda y Ocampo, prima de la Santa Madre, y algunas más conocidas de ellas.
Intervinieron en la fundación, que tuvo lugar el 20 de enero de 1582, el padre Diego de la Trinidad, Vicario Provincial, que a pesar de su mucho interés no consiguió una casa donde pudieran alojarse las monjas. El Señor Arzobispo, D. Juan Méndez de Salvatierra -que al principio puso muchos inconvenientes pero luego pasó por allanar el camino-, y la piadosa viuda Doña Ana de Peñalosa -a quien el Santo dedicaría más tarde su “Llama de amor viva”-, junto con su hermano D. Luis del Mercado y su amigo el licenciado Laguna, serán también protagonistas de esta historia.
Por esas circunstancias vivieron nuestras monjas seis o siete meses en casa de Doña Ana, y dos largos años en una casa alquilada en la calle Elvira hasta establecerse definitivamente en las llamadas casas del Gran Capitán adquiridas en el año 1584.
A este edificio, situado en el corazón de la ciudad, en lo que se puede llamar la entrada al histórico y típico barrio granadino del Realejo, en el principio de la significativa calle S. Matías, se trasladarán las monjas el día 8 de noviembre de ese mismo año, sosteniéndolo y manteniéndolo desde entonces con mucho esfuerzo e interés. Su primer dueño del que se tiene noticia histórica fue D. Gonzalo Fernández de Aguilar y de Córdoba, más conocido como el Gran Capitán. La casa, antiguo palacio moro, le tocó como botín de guerra. En esta casa vivió sus últimos años y falleció en ella el año 1515, como recuerda la placa conmemorativa colocada en la fachada del inmueble.
Pero mientras se hacían las adaptaciones y refuerzos necesarios al edificio, las monjas habitarán sólo la parte alta de la casa, unas pequeñas y pobres dependencias. En este tiempo las religiosas son asistidas espiritualmente, y a veces también socorridas materialmente, por S. Juan de la Cruz, prior de Los Mártires. Diariamente acude el Santo a celebrarles la Misa, que a falta de Iglesia y mejor acomodo, celebra en un pequeño cuartito en los desvanes de la casa. Este lugar, durante los siglos que la comunidad lleva habitando el inmueble, ha sido conservado y custodiado con esmero. La pequeña ermita así como el cáliz que utilizaba en la celebración de la Eucaristía guardan intacto el recuerdo de la presencia bienhechora y santa de Juan de la Cruz.
La Comunidad colaboró con la expansión de la Orden contribuyendo a las Fundaciones de Málaga, Baeza, Sanlúcar la Mayor, Jaén, Lucena, Almodóvar y Ogíjares.
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