Úbeda también es memoria de San Juan de la Cruz y su tránsito para irse a “cantar maitines al Cielo”. Esta presencia del Santo en la memoria ubetense, especialmente en la del Prior de los Carmelitas Descalzos P. Fernando de la Madre de Dios (Ortega), está en el origen de la fundación de las Descalzas.
Tenía el P. Fernando una prima, Doña Jerónima Enríquez de Carvajal, con la que trató sobre la posibilidad de fundarlo ella. Doña Jerónima, no solo acepta esta propuesta, sino que una vez decidida la fundación se traslada ella misma a Sevilla en busca de la que sería la primera priora de la casa, la Madre Ana de la Encarnación, cuya vida singular merece un breve paréntesis en la historia del Convento.
Ana de la Encarnación (Arbizo), nacida en Pamplona, emparentados sus padres con los Virreyes de Navarra, queda huérfana muy niña. Isabel de Valois, de paso por Pamplona para casarse con Felipe II, se encantó con la niña y se la llevó a la Corte como “menina” dándole una esmerada educación. A la muerte de la Reina quedó al cuidado de las Infantas. Deseosa de una vida retirada y de oración, primeramente orientada hacia una vida eremítica, tiene noticia de las fundaciones teresianas y entra en el convento de Pastrana con la Princesa de Éboli. Suprimido ese convento, va con toda esa comunidad a incorporarse en la recién fundada en Segovia. Convive con la Santa durante seis meses y ésta la manda a la fundación de Caravaca. Posteriormente el P. Antonio de Jesús, la enviará como priora al convento de Sevilla en el año 1592.
Yendo para Úbeda, Ana pasa por Granada donde se le unen María de la Cruz (Machuca) y una joven postulante que se llamará María de la Paz. De Beas fue la Madre María del Sacramento y Ana de la Madre de Dios, y de Sabiote una hermana de velo blanco llamada también María del Sacramento.
Sin duda fiel a una especial inspiración del Señor, se da prisa la Madre Ana para que el convento quedase inaugurado el mismo día de la llegada de las fundadoras a Úbeda, cosa que sucede el 7 de junio de 1595, a las 2 de la madrugada. Providencial inspiración la de la priora, pues el entonces Obispo de Jaén Don Francisco Sarmiento de Mendoza que les había dado la licencia de palabra, fallece ese mismo día a las 11 de la mañana, y su sucesor Don Sancho de Dávila no hubiera admitido la fundación, o la habría obstaculizado.
Tampoco fue fácil para las monjas vivir en la primitiva casa situada en la Parroquia de Santo Tomás, tanto por la pobreza de medios económicos como por las continuas intromisiones de Dª Jerónima en la vida de la comunidad, Con intención de conservar su paz y la observancia de la vida comunitaria se trasladaron a otra casa en el barrio de San Lorenzo, cosa que disgustó a la benefactora de modo que les retiró toda su ayuda, dejándolas en una pobreza extrema. Esta casa resultó ser muy insana para las monjas y fue causa de un enojoso y largo pleito por pertenecer el inmueble al Santo oficio.
Por tercera vez se traslada la comunidad, esta vez el 18 de julio de 1608, a una casa de la calle Montiel, aunque carecían de medios económicos para comenzar la edificación del convento y capilla, la entrada de una dama de la nobleza Doña Catalina María Serrano y su hija vendría a ser el medio por el que el Señor mostraría una vez más su Divina Providencia, pues deseando esta señora enterrar a su esposo –muerto en Valladolid- en alguna iglesia de Úbeda, le ofreció la Madre Priora de las Carmelitas la suya en proyecto y el patronazgo de la misma.
Al cumplir la hija de esta viuda los 15 años, convino con ella entrar las dos en este convento. Un hijo suyo, Rodrigo, había tomado el hábito en los Mártires de Granada. Llevaron de dote 5.000 ducados y el compromiso de dar otros 1.000 de renta mientras viviera, con lo que se pudo construir el convento y la capilla.
El día anterior a la Visitación de la Santísima Virgen del año 1665 comenzó la construcción de la iglesia. Doña María de Molina, camarera de María Teresa de Austria esposa de Luis XV, envió desde París un donativo de 120.000 pesos, y continuó enviándole limosnas a este fin, pero a pesar de esta generosidad la obra no pudo concluirse hasta el año 1673. Los retablos se hicieron en 1690, pero no hay noticia de
cuándo se pintaron los frescos y el decorado.
En 1936 la iglesia fue profanada y se perdió casi todo su ajuar.