En la exclaustración de 1873, al tener que abandonar el convento, las monjas fueron acogidas por Doña Josefa de la Cámara quien las hospedó en su casa y luego las llevó a una finca suya en Churriana.
Un año después, con la invasión francesa, la comunidad volvió a saborear el destierro. Y nuevamente la presencia fuerte de la cruz prueba a esta comunidad: el 11 de mayo de 1931 les incendian el convento, dejándolo tan solo con las paredes. De noche y de prisa debieran salir del convento, siendo acogidas por amigos y familiares y más tarde pasaron a los Carmelos de Vélez-Málaga, Sevilla y Antequera, no pudiendo regresar hasta diciembre de 1932.
Tan sólo habían transcurrido unos años cuando el 23 de agosto de 1936 vuelve a repetirse este ataque en el que milicianos quemaron la iglesia. Tienen nuevamente las Hermanas que vivir dispersas entre familiares y amigos, y un grupo grande fueron acogidas por las Hijas de la Caridad en su colegio de la Goleta. No podrán volver hasta el 16 de abril de 1937, teniendo que rehacer la casa. De nuevo destacan dos familiares bienhechores ayudando a la Comunidad en esta situación tan penosa; son ellos el Padre Rafael Martín, jesuita y hermano de la M. Elvira, y don Javier Noguer, hermano de la Hna. Concepción.