En 1680 hubo un terremoto que destruyó el Convento y ésta fue la causa de que, con la ayuda y dirección de los Padres Carmelitas Descalzos se reconstruyera de nuevo, de planta, explicando así la armonía y belleza que se encuentra en sus patios, claustros y demás dependencias. La iglesia se comenzó a edificar en 1707 y se terminó en 1734.
Siguiendo el talante de generosidad y acogida que siempre tuvieron, se recibió a una hermana de la Comunidad de Burdeos, que huía de la Revolución en Francia. Presencia providencial de la que se valió el Señor, pues, pasado unos años, fue ella la que no solamente contuvo la “furia” de los soldados franceses cuando éstos llegaron a la ciudad arrasando y quemándolo todo, sino la que hizo que mientras los invasores estuvieron en la ciudad se ocupasen de que no les faltase nada.
En el año 1868 también las Descalzas acogieron en su monasterio a las Clarisas que habían tenido que abandonar su Convento permaneciendo con ellas tres meses.
Al proclamarse la República en 1931 las monjas fueron obligadas a abandonar el convento, aunque sólo estuvieron fuera de la clausura tres días, comprobando a su vuelta que no habían sufrido daños la Iglesia ni el resto del convento.
En 1936, nuevamente obligadas a salir, fueron acogidas por la familia de los Patronos del convento. Providencialmente, la más famosa miliciana del pueblo, María, apodada la Niñota, fue quien cuidó de ellas y del convento para que éste no sufriera ningún daño ni a las monjas les faltara nada de lo necesario mientras estuvieron fuera de la clausura. El 13 de agosto pudieron regresar al convento que nuevamente encontraron intacto, sin daño alguno.
Cuando en la segunda mitad del Siglo XX, la Comunidad de Antequera se vio necesitada, acudieron en su ayuda Hermanas de Sevilla, Málaga, Dos Hermanas y Vélez Málaga. Después de seis años las de Málaga regresaron a su Convento y las demás quedaron incardinadas en dicha Comunidad, experimentando así como el Señor no se deja vencer en generosidad.
Patrimonio artístico
La mejor pieza arquitectónica de todo el convento es la iglesia, obra interesantísima del Barroco Antequerano, que se levantó entre los años 1707 y 1734. La planta es de cruz latina, de una sola nave y con los brazos del crucero poco profundos, desarrollando cúpula y linterna sobre pechinas.
La mayoría de su decoración de yeserías barrocas se concentra en las referidas pechinas de la gran cúpula encamonada, en el cascarón del presbiterio y en los capiteles de las pilastras que sostienen el entablamento que recorre perimetralmente todo el templo. La talla en yeso de estos elementos ornamentales se atribuye al maestro Antonio Ribera, famoso por su actividad como retablista. Su hornacina central la ocupa la imagen titular del patriarca San José con el Niño Jesús de la mano. Decoran el arco de acceso a la capilla mayor dos encopetados espejos barrocos de procedencia inglesa, y debajo de éstos, dos ángeles lampadarios realizados en 1804 por Miguel Márquez García.
Los retablos colaterales del crucero, sencillas ensambladuras de madera coetáneas del retablo mayor, con las imágenes de Sta. Teresa y San Juan de la Cruz. El frente del crucero del lateral del Evangelio lo ocupa un original retablo de corte rococó que expone, a manera de urna acristalada la imagen de vestir de la Dormición de la Virgen. Frente a este retablo encontramos el de la Virgen del Carmen.
Actualmente, el convento tiene abierto al público el Museo Conventual de Las Descalzas, donde en distintas salas pueden contemplarse valiosas obras procedentes del rico patrimonio artístico del convento. También cuenta con un columbario emplazado en la cripta de la iglesia, llamado Cripta de la Resurrección.